Территория заказника находится на плосковолнистой равнине, богатой озёрами, останцами морены и камами. В наибольшей степени здесь заболочены истоки реки Вилия. По берегам доминирует богатая лесная растительность: на правом берегу можно встретить обильные сосняки с множеством повислых берёз и осин, а на левом берегу — различные ельники и комплексы елово-широколиственного леса. В целом растительный мир заказника насчитается порядка 300 видов, в том числе и такие краснокнижные, как купальник горный, линнея северная и прочие.
В составе животного мира заказника значатся такие млекопитающие, как дикий кабан, лось, волк, лиса, бобр, заяц.